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　　数年前，人类以超级战舰“轰天号”，在南极击溃“哥吉拉”，并且将“哥吉拉”封印在地底下。但是地球除了“哥吉拉”以外，还有许许多多的怪兽，对各大人类都市虎视眈眈。于是，人类成立了“地球防卫部”，专门对付各种怪兽的入侵。而地球防卫部最强大的成员，就是当年封印哥吉拉的“轰天号”以及其舰长“道格拉斯·戈登上校”。　　此外，为了应付怪兽对人类造成的困扰，地球防卫部特别甄选了有特殊能力的人类，这些“超人类”拥有普通人类所没有的“M染色体”，让这些人类拥有比普通人更强大的体能跟敏捷性，以应付怪兽的攻击，其中的佼佼者就是“尾崎真一少尉”。　　就在不久之前，人们挖到一个巨大怪物的遗骸，而且怪物拥有机械跟生物的本质，怀疑能够将生物跟机械结合起来的怪物应该来自于外太空。不久，尾崎真一收到来自婴儿岛“小美人”的警告，这个怪物是当年被“魔斯拉”给封印的“盖刚”，盖刚的出现代表着人类的危机。　　就在盖刚出土不久，世界各地突然在同一时间，遭受到了各大怪物的攻击，一时之间让地球防卫部忙的焦头烂额。但是突然出现的神秘飞行器，却将这些怪物全部都带走。这些自称“X星人”的外星来访客，声明自己是人类的朋友，要跟人类建立起同盟关系，更声称有一个巨大的星球即将撞上地球。但是在尾崎真一还有道格拉斯等人的调查之下，发现根本就没有神秘星球要撞击地球。而那些怪兽根本就是外星人侵略地球所释放的，X星人根本是要把人类当作粮食来利用。　　虽然外星人的真面目被揭穿，但是外星人拥有不可思议的超能力，还有手下听命于外星人的巨大怪物。地球防卫军最后被歼灭，只剩下轰天号还苟延残喘著。此时，道格拉斯想出一个大胆的计策，就是解开南极哥吉拉的封印，让代表地球最强大怪物的哥吉拉，去面对这些外星来的侵略者....

　　童年时代的不幸遭遇让美由里（苍井优 配音）早早就体味到了世间的人情冷暖和感情的脆弱不堪，心灰意冷的她决定封闭自己的内心，用淡泊和冷漠将自己层层武装。母亲的离家出走和父亲的抛弃更是令美由里深深相信，这个世界上并没有任何值得信赖的人存在。                                                                    　　美由里被寄养在了乡下的祖母家，某日，机缘巧合之下，美由里走进了一片看似荒芜的森林之中，让她没有想到的是，各种各样仅存在与幻想之中的生物和神灵竟然活生生的出现在了她的面前。森林里的世外桃源渐渐治愈了美由里受伤的心灵，所以，当森林即将面临全数被毁的命运之时，美由里毫不犹豫地伸出了援手。